Makine mühendisliği Doktora programı, Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde yürütülen bir program olduğundan kabul koşulları Enstitü tarafından tanımlanan çerçeveye uygun olarak belirlenmiştir. Kabul için gereken koşullar şunlardır:

1. Makine mühendisliği alanında lisans ve yüksek lisans derecesine sahip olmak. Mezuniyet durumundaki yüksek lisans öğrencileri doktora programına başvurabilirler. Ancak, kesin kayıt sırasında mezuniyetlerini belgelemek zorundadırlar.
2. ALES sınavından en az 60 puan veya GRE Quantitative sınavından en az 648 puan almış olmak.
3. İngilizce yabancı dil sınavında başarılı olmak (Üniversitelerarası Kurul’ca kabul edilen şu sınavlardan en az belirtilen puanı almış olanlar yabancı dil sınavından muaf tutulur: ÜDS/KPDS-60 / TOEFL IBT-72 / TOEFL CBT-198 / TOEFL PBT-532 / FCE-C / CPE-C / CAE-C).
4. Doktora kabul komitesince yapılan yazılı ve sözlü bilim sınavında başarılı olmak.
5. Makine Mühendisliği’nden başka alanlardan başvuranların müracaatları doktora kabul komitesince değerlendirilir ve kabul edilenlere bilimsel hazırlık programı uygulanabilir. Başka alanlardan başvuranlar için uygulanacak bilimsel hazırlık programının esasları, Çankaya Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Öğretim Yönetmeliğinin 15. Maddesine göre belirlenir. Bilimsel hazırlık süresi doktora eğitim süresine dahil değildir.