Öğrenciler, "Yükseköğretim Kurumlarında Ön Lisans ve Lisans Düzeyindeki Programlar Arasında Geçiş, Çift Anadal, Yandal ile Kurumlararası Kredi Transferi Yapılması Esaslarına İlişkin Yönetmelik" ve "Çankaya Üniversitesi Ön Lisans ve Lisans Programları Yatay Geçiş Yönergesi" uyarınca yatay geçiş için başvurabilirler. Yatay geçişler “genel not ortalamasına göre” ve “merkezi yerleştirme puanına göre” yapılabilmektedir. Öğrencinin başvuru yapabilmesi için yönetmelik ve yönergede belirtilen koşullara uyması gerekmektedir. Yatay geçişler fakülte veya AMYO yönetim kurullarınca belirlenecek kontenjanlarla sınırlı olup, öğrencilerin intibak işlemleri de bu kurullar tarafından yapılmaktadır. Yatay geçişlerde burs ve indirim olanakları Çankaya Üniversitesi Ön Lisans ve Lisans Programları Yatay Geçiş Yönergesi’nin 10. maddesinde belirtilmiş olup, kurumlararası merkezi yerleştirme puanına göre yatay geçişte başvurduğu Üniversitemiz programının %50 Burslu taban puanı ve üzeri puanına sahip öğrenciye Üniversitemizdeki güz ve bahar dönemlerinde ödeyeceği ücretlerde geçerli olmak üzere (yaz öğretimi hariç) eğitimi süresince %50 indirim, %25 Burslu taban puanına sahip öğrenciye Üniversitemizdeki güz ve bahar dönemlerinde ödeyeceği ücretlerde geçerli olmak üzere (yaz öğretimi hariç) %25 indirim verilmektedir.